Klub byl založen roku 1932 pod názvem SK Kunovice. Největším úspěchem je čtyřleté působení ve 2. nejvyšší soutěži (2002/03 – 2005/06). Od sezony 2018/19 hraje I. A třídu Zlínského kraje – sk. B (6. nejvyšší soutěž).
Stadion Na Bělince využívá také rezervní tým Slovácka.

Kunovice se po většinu existence pohybovaly v krajských fotbalových soutěžích. Zlom nastal v sezóně 1995/96, kdy klub podruhé ve své historii postoupil do Divize D (poprvé ji hrál v ročníku 1991/92). Jako nováček dovedl soutěž ihned vyhrát a postoupit do 3. nejvyšší soutěže (MSFL). V ní se klub první sezóny pohyboval ve druhé polovině tabulky.

Až v sezóně 2000/01 se klubu málem povedlo postoupit do 2. ligy. Kunovice skončily na 2. místě za béčkem Sigmy Olomouc. V další sezóně už ale Kunovicím historický postup neunikl, Moravskoslezskou ligu vyhrály při bodové shodě s Dolními Kounicemi díky lepším vzájemným zápasům a mohly se radovat z dosud největšího klubového úspěchu. Na podzim 2003 se uvažovalo o přesunu kunovické kopané do Veselí nad Moravou.V sezóně 2005/06 se klub umístil na slušném 11. místě, ale kvůli finančním problémům nedostal licenci a přihlásil se do Přeboru Zlínského kraje (5. nejvyšší soutěž).^[4] Po podzimu se však ze soutěže odhlásil a seniorské „A“ mužstvo zaniklo.

Po tříleté odmlce klub zahájil v sezoně 2009/10 v Základní třídě Uherskohradišťska – sk. A (nejnižší soutěž).